Het St-Gregorius College wordt bestuurd door de Willibrord Stichting. De school heeft een directie, bestaande uit een rector en drie conrectoren. De school heeft twee locaties. Op de hoofdlocatie Nobeldwarsstraat zijn de brugklassen 1 en 2 gehuisvest en de afdeling vmbo 3 en 4. De locatie Van Asch van Wijckskade huisvest de leerlingen vanaf klas 3 havo en vwo. Elke afdeling heeft een eigen afdelingsleider. De vier directieleden en zes afdelingsleiders vormen samen het managementteam van het St-Gregorius College.
Het personeel bestaat uit ruim 90 docenten en ongeveer 20 personeelsleden die ondersteunen.
Veel personeelsleden, leerlingen en ouders denken actief mee over het beleid van de school. Naast de medezeggenschapsraad is er een actieve docentenraad, een leerlingenraad en een ouderraad.